《R语言与农业数据统计分析及建模》学习——ggplot2绘图基础

一、农业科研数据可视化常用图形及用途

1、数据可视化的重要性

        通过可视化，我们可以更直观地理解和分析数据的特征和趋势。

2、常用图表类型及其概述

        散点图：用于展示两个变量之间的关系，可用于观察数据的分布、趋势和异常值。

        折线图：用于展示随时间或其他连续变量变化的趋势，常用于时间序列数据或连续试验结果。

        饼图：用于显示不同部分占整体的比例，适用于展示百分比或比例数据。

        柱形图：用于比较不同类别之间的数据，适用于展示离散数据或对比不同处理组的结果。

        直方图：用于展示数据的分布情况，特别适用于连续数据的分布查看。

        箱线图：用于展示数据的分布情况和异常值，可同时显示多个组别的数据比较。

        热力图：用于可视化矩阵型数据，通过颜色映射展示变量之间的关系。

3、进阶图形

        根据研究的目标和问题，选择最合适的图形来呈现数据，强调研究的重点和关键信息。如：桑基图、环形柱图等。

二、ggplot2绘图原理

1、ggplot2简介

        ggplot2是R语言中最受欢迎的数据可视化包。基于图形语法理论，通过简单而一致的语法，使用户能够轻松创建各种复杂的图形。

2、ggplot2的基本原理

        图形语法是ggplot2的基本原理，它描述了图形的构建过程和基本组成部分。

        图形语法包括以下几个基本要素：

        ①数据：Data Frame

        ②映射：Mapping

        ③几何对象：Geometric Objects

        ④图形属性：Aesthetic

        ⑤图层：Layers

（1）数据映射与几何对象

        数据映射是将数据中的变量映射到图形的属性上，使得数据能够在图形中得到展示。

        ggplot2中使用aes()函数进行数据映射。例如，aes(x="Age",y="Height")将数据集中的Age变量映射到x轴位置，Height变量映射到y轴位置。

        图形几何对象指定了数据点在图形中的表示方式。ggplot2提供了多种几何对象，如：

        geom_point()：散点图

        geom_line()：折线图

        geom_bar()：条形图

        geom_boxplot()：箱线图

        geom_histogram()：直方图

（2）属性映射和图层叠加

        图形属性映射是将数据的变量映射到图形元素的外观上，如颜色、大小、形状等。

        ggplot2中，通过在aes()函数中设置图形属性，实现数据的外观设置。例如：aes(color='Species')将数据中的Species变量映射到点的颜色。

        图层叠加是将不同图形组合在一起，用于同时展示多组数据或多种图形。

        在ggplot2中，使用符号"+"将不同的图层组合在一起。例如，ggplot(data)+geom_point()+geom_line()将散点图和折线图组合在同一张图上。

3、ggplot2的安装与加载

        在R语言中，安装ggplot2包可以通过install.packages()函数来完成。

        执行该命令后，R会从CRAN（Comprehensive R Archive Network）下载并安装ggplot2包及依赖项。安装完成后，即可使用ggplot2包进行可视化。

# 安装ggplot2可视化包
install.packages("ggplot2")

# 加载ggplot2包
library(ggplot2)

# 安装和加载其他必要的库，流入cowplot用于拼图
install.packages('cowplot')
library(cowplot)

三、创建ggplot2图形

1、创建基本图形框架

        ggplot()函数用于创建基本的图形框架。它指定了数据集以及整个图形的坐标系和属性。

        # 语法

        ggplot(data=<数据集>,mapping=aes(<映射参数>))

        # 示例

        # 创建基本图形框架

        p<-ggplot(data=mydata)

        # 创建基本图形框架，并进行数据映射

        p<-ggplot(data=mydata,mapping=aes(x=variable,y=value))

# 加载ggplot2包
library(ggplot2)

# 创建基本图形框架，并进行数据映射
# 使用R语言自带的数据集iris
p<-ggplot(data=iris,mapping=aes(x=Sepal.Length,y=Petal.Length))

# 添加几何对象
p + geom_point()

# 使用R语言自带的数据集mtcars
p<-ggplot(data=mtcars,mapping=aes(x=factor(cyl),y=mpg))
# 添加条形几何对象
p+geom_bar(stat="identity")

2、数据映射

        aes()函数用于将数据的变量映射到图形的属性上，如x轴位置、y轴位置、颜色、形状等。

        它定义了数据映射规则，将数据集中的变量与图形属性进行关联。

        # 语法

        # 创建基本图形框架，并进行数据映射

        p<-ggplot(data=mydata,mapping=aes(...))

         # 可以映射的内容

         x轴位置、y轴位置、颜色color/填充fill、形状shape、大小size、分组group、标签label等

# 以iris数据集为例，创建散点图，并按颜色区分不同物种
p<-ggplot(data=iris,mapping=aes(
  x=Sepal.Length,y=Petal.Length,color=Species
))
# 添加点几何对象
p+geom_point()

# 以iris数据集为例，创建散点图，并按形状区分不同物种
p<-ggplot(data=iris,mapping=aes(
  x=Sepal.Length,y=Petal.Length,shape=Species
))
# 添加点几何对象，并设置点大小
p+geom_point()

        如果同时设置shape=Species,color=Species，则会出现下图效果，大家可以自行尝试：

3、几何对象

        在ggplot2中，几何对象是用于表示数据的可视化元素，如点、线、条形等。通过添加不同的几何对象，我们可以创建各种类型的图形。

# 以R语言自带的economics数据集为例，进行折线图绘制
p<-ggplot(data=economics,mapping=aes(
  x=date,y=unemploy
))
# 添加线几何对象
p+geom_line()

# 创建柱形图
# 创建基础图形框架，并进行数据映射
p<-ggplot(data=mpg,aes(x=class))
# 添加条形几何对象
p+geom_bar()

四、图形属性设置

1、文本标签、标题和图例

        通过在图形中添加文本标签，我们可以向观众提供更多的信息，例如数据点的数据值、类别的标识等。

# 添加文本标签
# 创建基本图形框架，并进行数据映射
p<-ggplot(data=iris,mapping=aes(
  x=Sepal.Length,y=Sepal.Width
))
# 添加点几何对象，并设置点标签
p+geom_point(size=3)+geom_text(aes(label=Species))

        通过添加标题，能够帮助观众理解图形的含义和信息。

# 添加图像标题
# 创建基本图形框架，并进行数据映射
p<-ggplot(data=iris,mapping=aes(
  x=Sepal.Length,y=Sepal.Width
))
# 添加点几何对象，并设置点的大小
p+geom_point(size=3)+labs(
  title="鸢尾花花萼长度与花萼宽度",
  x="花萼长度",
  y="花萼宽度"
)

2、图层叠加

        图层叠加是指将不同的几何对象叠加在同一个图形中，以展示多个变量或数据的关系。通过叠加多个图层，我们可以同时呈现多个数据特征，提供更全面的视觉表达。

# 加载ggplot2包
library(ggplot2)

# 创建基本图形框架，并进行数据映射
p<-ggplot(data=iris,mapping=aes(
  x=Sepal.Length, y=Sepal.Width
))
# 添加散点图图层
scatter_layer<-geom_point(aes(color=Species),size=3)
# 添加箱线图图层
boxplot_layer<-geom_boxplot(aes(color=Species),outlier.shape=NA)
# 图层叠加
p+scatter_layer+boxplot_layer

# 创建基本图形框架，并进行数据映射
p<-ggplot(data=iris,mapping=aes(
  x=Sepal.Length, y=Sepal.Width,color=Species
))
# 添加散点图图层
scatter_layer<-geom_point(size=3)
# 添加回归线图层
lm_layer<-geom_smooth(method='lm',se=FALSE)
# 图层叠加
p+scatter_layer+lm_layer

五、图形主题绘制

1、字体、颜色、样式

        在ggplot2中，可以通过修改图形主题来调整字体、颜色和样式等元素。这样可以使图形更具有个性和可读性。

（1）修改字体

# 创建图形并修改字体
p<-ggplot(data=iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width,color=Species))
p+geom_point()+labs(
  title="Iris Data",x="Length",y="Width",color="Species"
)+theme(
  text=element_text(family="Arial")
)

（2）修改颜色

        可以使用颜色名称或十六进制代码来修改图形中的颜色。可以通过修改axis.line、panel.grid.minor等参数来调整坐标轴、背景和网格线的颜色。

# 创建图形并修改颜色
p<-ggplot(data=mpg,
       aes(x=displ,y=hwy))

p+geom_point()+labs(
  title="汽车燃油效率",x="排量",y="公里数"
)+theme(
  axis.line=element_line(color='blue',size=1),
  panel.background=element_rect(fill='#F2F2F2'),
  panel.grid.major=element_line(color='gray',linetype='dashed'),
  panel.grid.minor=element_blank()
)

（3）修改样式

        可以使用element_rect()函数和element_line()函数来修改图形中的矩形和线段样式。可通过修改panel.border、legend.key等参数来调整图形元素的样式。

# 创建图形并修改样式
p<-ggplot(data=diamonds,aes(x=carat,y=price))
p+geom_point()+labs(
  title="钻石间隔与克拉数关系",x="克拉数",y="加个"
)+theme(
  panel.border=element_rect(color='black',fill=NA),
  legend.background = element_rect(fill="gray90"),
  legend.key = element_rect(fill='white',color='black')
)

2、网格线和背景设置

（1）调整网格线

        可以使用theme()函数中的panel.grid.major和panel.grid.minor参数来调整网格线的样式。可修改网格线的颜色、线型、粗细等。

# 创建图形并调整网格线
p<-ggplot(data=diamonds,aes(x=carat,y=price))
p+geom_point()+labs(
  title="钻石价格与克拉数关系",x="克拉数",y="价格"
)+theme(
  panel.grid.major=element_line(color='gray',linetype = "dashed"),
  panel.grid.minor=element_blank()
)

（2）调整背景

        可以使用theme()函数中的panel.background参数来调整图形的背景颜色和填充。可以使用element_rect()函数来指定填充颜色、边框颜色和大小。

# 创建图形并调整背景
p<-ggplot(data=iris,mapping=aes(
  x=Sepal.Length,y=Sepal.Width,color=Species
))
p+geom_point()+labs(
  title = "鸢尾花数据",
  x="花萼长度",
  y="花萼宽度",
  color="品种"
)+theme(
  panel.background = element_rect(fill='gray90'),
  panel.border=element_rect(color='black',fill=NA)
)

3、自定义主题

        使用theme()函数可以设置图形的整体主题。可以通过修改各种参数来调整图形的背景、边框、网格线、标题等样式。

# 设置图形主题
my_theme<-theme(
  plot.title = element_text(size=16,face='bold'),
  axis.title = element_text(size=12),
  axis.text = element_text(size=10),
  legend.title = element_text(size=10),
  legend.text = element_text(size=8),
  panel.background = element_rect(fill='white'),
  panel.grid.major = element_line(color='gray',linetype='dashed'),
  panel.grid.minor = element_blank(),
  panel.border = element_rect(color='black',fill=NA)
)
# 创建图形并应用自定义主题
p<-ggplot(data=iris,mapping = aes(
  x=Sepal.Length,y=Sepal.Width,color=Species
))
p+geom_point()+labs(
  title = "鸢尾花数据",x="花萼长度",y="花萼宽度",color="品种"
)+my_theme

六、分面绘图

1、facet_wrap分面绘图

        facet_wrap函数能够根据单一分类变量将数据分成多个子图，并在每个子图中绘制对应组别的数据。子图的排列方式默认为等高等宽，可以通过nrow和ncol参数来调整子图的行数和列数。

# 导入ggplot2包
library(ggplot2)

# 使用facet_wrap函数创建分面绘图
p<-ggplot(data=mpg,mapping=aes(x=displ,y=hwy))
p+geom_point()+facet_wrap(~class,nrow=2)+labs(
  title="汽车燃油效率",
  x="排量",
  y="公路里程"
)


# 示例2
p<-ggplot(data=iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))
p+geom_point()+facet_wrap(~Species)+labs(
  title="鸢尾花数据集",
  x="花萼长度",
  y="花萼宽度"
)

# 示例3
p<-ggplot(data=diamonds,aes(x=cut,y=price))
p+geom_boxplot()+facet_wrap(~color,nrow = 2)+labs(
  title = "钻石价格与切割质量关系",
  x="钻石切割质量",
  y="钻石价格"
)

 2、facet_grid分面绘图

        facet_grid函数能够根据两个或多个分类变量将数据分成多个子图，并在每个子图中绘制对应组别的数据。

语法：facet_grid(分类变量1~分类变量2,nrow=函数,ncol=列数)

# 使用facet_grid()函数创建分面绘图
p<-ggplot(data=mpg,aes(x=displ,y=hwy))
p+geom_point()+facet_grid(drv~class)+labs(
  title="汽车燃油效率",
  x="排量",
  y="公路里程"
)

# 示例2
p<-ggplot(data=diamonds,mapping = aes(x=cut,y=price))
p+geom_bar(stat="identity")+facet_grid(cut~color)+labs(
  title="钻石价格与切割质量关系",
  x="钻石切割质量",
  y="钻石价格"
)


# 示例3
p<-ggplot(data=iris,aes(x=Petal.Width,y=Petal.Length))
p+geom_point()+facet_grid(Species~.)+labs(
  title="鸢尾花数据集",
  x="花瓣宽度",
  y="花瓣长度"
)

七、图片拼接与保存

1、多图拼接方法

        在ggplot2中，需要借助gridExtra包、patchwork包等辅助包来实现不同类型图形的整齐拼接。

        grid.arrange()函数来自于gridExtra包，用于将多个ggplot2图形按照指定的排列方式拼接在一起。语法如下：

        grid.arrange(plot1,plot2,...,ncol=列数,nrow=行数)

        plot1,plot2,...指要拼接的ggplot2图形对象。

        ncol：指定每行的图形列数。

        nrow：指定每列的图形行数。

# 加载ggplot2包和gridExtra包
library(ggplot2)
library(gridExtra)

# 创建两个ggplot2图形对象
p1<-ggplot(data=iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width,color=Species))+geom_point()
p2<-ggplot(data=diamonds,aes(x=cut,fill=color))+geom_bar()
# 使用grid.arrange()函数图形
grid.arrange(p1,p2,ncol=2)

        patchwork包可以让我们更简单地将多个ggplot2图形组合在一起，通过使用“+”符号来实现图形的拼接。语法：

plot1+plot2+...+plotN

# 导入ggplot2包和patchwork包
library(ggplot2)
library(patchwork)

# 创建两个ggplot2图形对象
p1<-ggplot(data=iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width,color=Species))+geom_point()
p2<-ggplot(data=diamonds,aes(x=cut,fill=color))+geom_bar()
# 使用patchwork包拼接图形
p1+p2

图形效果与上图一致，不再重复展示。

2、图形高清保存

        在ggplot2中，我们可以使用ggsave()函数来保存ggplot2绘制的图形为高清图像文件。ggsave()函数是ggplot2包提供的图形保存函数。语法如下：

ggsave(filename, plot, device=NULL, path=NULL, scale=1, width=NA, height=NA, units=c("in", "cm", "mm"), dpi=300)

# 创建一个简单的ggplot2图形
p<-ggplot(data=iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width,color=Species))+geom_point()
# 保存图形为png格式文件，分辨率为300dpi
# 图片将保存在当前工作目录中
ggsave(filename="scatter_plot.png",plot=p,dpi=300)

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